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L'Università degli Studi di Firenze ha le sue origini nello Studium Generale che la repubblica fiorentina volle far nascere nel 1321. Le discipline allora insegnate erano il diritto, civile e canonico, le lettere e la medicina. Come docenti furono chiamati molti nomi famosi: Giovanni Boccaccio fu incaricato di tenere lezioni sulla Divina Commedia.


L'importanza dello Studium fu sancita da una Bolla di papa Clemente VI, con la quale furono riconosciuti e convalidati i titoli da esso rilasciati, gli furono estesi i privilegia maxima già concessi alle Università di Bologna e di Parigi, vi fu istituita la Facoltà di teologia. Nel 1364 con l'imperatore Carlo IV, lo studio fiorentino diventa università imperiale. I Medici, al momento del loro avvento al governo della Toscana, lo esiliarono a Pisa nel 1472: da quell'anno i trasferimenti diventarono frequenti, a seconda dei cambiamenti di governo. Carlo VIII lo riportò a Firenze dal 1497 al 1515 anno in cui, con il ritorno dei Medici lo Studium venne nuovamente spostato a Pisa. Rimasero a Firenze, anche dopo questa data, molti insegnamenti, mentre le ricerche ebbero un ottimo appoggio nelle numerose Accademie fiorite nel frattempo, come quella della Crusca e quella del Cimento.


Solo con il 1859 con la cacciata del granduca dal governo della regione, tutti questi insegnamenti sparsi riottennero la dignità di un'organizzazione e una struttura proprie: nasce così l'Istituto Superiore di Studi Pratici e di Perfezionamento, che, nello stato italiano unitario, avrà riconosciuto il carattere universitario. Soltanto nel 1924, tuttavia, un apposito decreto conferì la denominazione di Università all'Istituto. La successiva organizzazione degli studi dell'Università si è articolata, fra il 1924 e il 1938, nelle Facoltà di Agraria, Architettura, Economia, Farmacia, Giurisprudenza, Lettere e Filosofia, Magistero, Medicina e Chirurgia, Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali e Scienze Politiche. A queste dieci Facoltà, nel 1970, è stata aggiunta quella di Ingegneria, il cui primo biennio, però, era già stato attivato dall'anno accademico 1928-29. Nel luglio del 2002 poi è stata costituita la facoltà di Psicologia.


Dal 1 gennaio 2013, a seguito della riforma introdotta dalla legge 240/2010, le Facoltà sono state abolite; il compito di coordinamento delle attività didattiche e della gestione dei relativi servizi è svolto dalle Scuole.


Oggi è una delle più grandi organizzazioni per la ricerca e la formazione superiore in Italia, con 1.800 docenti e ricercatori strutturati, circa 1.600 tecnici e amministrativi, e oltre 1.600 dottorandi e assegnisti.


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